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孢子分离
又可分为以下几种方法：
( 1 ）褶上涂抹法：选取新鲜、健壮、未开伞、未破裂的子实体，洗净后用0 . 1 %升汞或75 %酒精表面灭菌2 分钟，然后连同培养基一起放入接种箱内，经福尔马林熏蒸消毒12 ～ 24 小时，再按无菌操作技术将接种环在子实体菌褶上涂抹，把涂抹后带孢子的接种环在培养基上划线接种，，最后置于25 ～ 28 ℃恒温箱内培养，可得纯菌种。
( 2 ）孢子印采集法：取灭过菌的载玻片、试纸或黑布，置于新鲜、未开伞或未开裂的子体菌褶的下方。经24 小时后，便落下孢子，形成印痕（即孢子印）。然后，用接种环或玻璃棒蘸取孢子，接种在平面或斜面培养基上，进行恒温培养，可得纯菌种。
( 3 ）孢子收集器采集法：孢子收集器由玻璃钟罩、培养皿、三角架、搪瓷盘等组成。钟罩下为一搪瓷盘，直径25 厘米左右，盘内先垫衬4～6 层纱布，放1 副9 厘米直径的培养皿，大盖口朝下，上放小的，口向上。然后，在上面小的培养皿上放1 只铅丝绕成的三角架，再将带孔的玻璃钟罩盖上，**上罩孔用棉塞塞好，最后，用纱布包好整个孢子收集器，置于高压灭菌锅或蒸笼内灭菌2小时。

寄主分离法
即从生长有某种真菌的寄主体上（如茯苓、木耳木段）取下木片，进行分离的方法。如木耳制种时，可选**、朵大、出耳多、质厚的耳棒（即长有木耳的木段）。采集后，削去耳根下的树皮，将其横断面锯成1 厘米厚的木片，在无菌条件下，切去无耳菌丝部分，留下有耳菌丝部分，浸入0 . 1 %升汞水中1 分钟，取出再用无菌水冲去木片上的汞液。然后，用解剖刀将木片切成0 . 5 厘米的小块，放入斜面培养基内，置24 ～26 ℃下培养，及时淘汰杂菌，选取纯菌丝进行移植培养，即得菌种

①简单保存法，将琼脂斜面孢子培养物、菌丝悬浮液以及由麸皮、大米、小米等谷物原料制成的孢子培养物置于4℃冰箱保存,保存时间不**过1～2个月，若将谷物原料制备的孢子瓶抽真空并在棉塞上浸蜡,以隔绝外界空气和水汽,保持时间可达3～4个月；②液氮**低温保存法，将生长稳定期的细胞悬浮在10%甘油或其他低冰点液体中，密封于安瓿管内，然后控制冷却速度，使安瓿管温度逐步下降至 -35℃时，即可置于-150～-196℃的液氮罐中保存。大多数微生物如病毒、噬菌体、多种细菌、放线菌、酵母和原虫、特别是一些用冷冻干燥法有困难的微生物，都可用此法长期保存。
脱水存法
①沙土保存法，能产孢子的细菌、放线菌及霉菌可采用此法保存,即将沙和土以3:2比例混合，经稀酸处理洗净过筛,装入小试管内,装置高度为1cm;灭菌2～3次，烘干后即可将在斜面培养基上生长良好的孢子，用无菌蒸馏水2～2.5ml制成孢子悬液，吸取少许加入沙土管中，经真空抽干，外观呈松散状态,于4℃冰箱保存，保存期可达5～7年。
② 冷冻干燥法,将孢子悬浮液与保护剂（一般用脱脂牛奶或血清）相混合，放在安瓿管内于-20～-30℃的乙醇浴中速冻。然后，在低温下用真空泵抽干，并用五氧化二磷或干冰使水汽结冻，熔封安瓿管，于低温下保存。保存期可达5～10年之久。
③ 石蜡油封存法，在斜面菌种培养物上,倒上灭菌后的石蜡油，高出斜面1cm，于4℃冰箱或低温干燥处保存，此法不适用于能利用石蜡油作碳源的微生物，保存期为一年以上。